埔里基督教醫院(以下簡稱埔基)六十多年的發展，在台灣偏遠地區醫療宣教所扮演的角色，有其獨特之處。埔基雖然只是一間小規模的社區醫院，但卻是神照顧弱勢偏遠地區民眾身心靈健康的重要產業。讓我們存著謙卑、敬畏上帝的心，見證上帝依然是埔基歷史的主宰。回首這五十年來埔基的歷史大概可分為四大時期 ：
基督教山地中心診所時期（1956-1957）
第二次世界大戰後台灣百業蕭條，偏遠農村地區更是物資匱乏。當時美籍宣教士孫理蓮宣教士，有感於一位傷心欲絕的原住民母親，親手埋葬十位子女的悲慘景況，乃憑藉信心倚靠上帝，創立芥菜種會。自美國募款，協助此偏遠原鄉部落的醫療缺乏。1955年於埔里鎮中山路1030號，建立基督教山地中心診所，此為埔里基督教醫院的前身。民國四十五年一月十六日舉行開幕感恩禮拜，邀請南投在地謝緯醫師（牧師）擔任第一任院長，開啟東台灣山地醫療先河。創辦人之一挪威籍宣教士徐賓諾護理師回憶選擇埔里設立山地中心診所原因，因為埔里鎮位於台灣的中心點，同時擔任原住民山產農作物的交易集散地，附近山區有兩萬餘位原住民。
埔里基督教山地醫院時期（1958-1983）
「基督教山地中心診所」免費替原住民看病的好消息，透過教會和原住民間口耳相傳，很快的吸引全省各地貧窮的原住民，紛紛翻山越嶺走路來到埔里就醫，讓原本只有設置六張病床的診所，第二天就湧進十五名病患，其中十名病患是肺結核病人。因此診所另外租用鯉魚潭旁的台地，由他們自行搭屋，作為肺病療養病房。 但是陪伴親友前來看病的原住民，無法當天往返，又沒錢住旅社，都擠身簡陋工寮過夜。某晚謝醫師巡視病患，驚訝發現病房內擠滿了人，卻找不到病患。為此再向愛蘭教會承租崎頂土地，用竹子搭蓋八間病房，提供住診使用。當年世界展望會提供埔基一般經費，援助薪資和購買藥品之用。創辦人鮑伯皮爾斯會長（Dr.Bob.pierce）來台視察，驚見此景及工作同工們服務精神深受感動，當場簽出一張空白支票囑咐第二任院長徐賓諾買下埔基現址土地，並著手建院。這間醫院的建材是埔里地區第一棟鋼筋水泥建築，1962年6月24日埔里基督教山地醫院獻院感恩禮拜。此醫院的落成，象徵著埔基由診所進入現代化醫院的服務，是新的里程碑。也是當時南投縣第一所設備新穎的現代化醫院。挪威宣教師夫婦徐賓諾及紀歐惠醫師陸續在此醫院服務病患，並成立了埔基護校及小兒麻痺之家，照顧了許多原住民小朋友及少女。
財團法人埔里基督教醫院時期（1984-1999）
1984年醫療法成立，政府要求教會醫院成立財團法人。當時董事長吳震春醫師主張應向政府登記，成立財團法人，裁決要當年的成亮副院長積極辦理。擁有埔基大部分土地的展望會，對耕者有其田的概念非常清楚，莊文生會長(也是埔基董事)，決定將埔基所登記在展望會名下的土地轉移給埔基，讓埔基以這些土地不動產，向法院申請成立財團法人。1985年5月23日衛生署核准埔里基督教醫院為財團法人。聘請紀歐惠醫師為第三任院長，成亮先生任行政副院長，趙文崇醫師任醫務副院長。埔基是上帝的產業，是信心的果子，展望會協助埔基成長獨立為福音機構，樹立美好的典範。 埔基以「小而精緻」的醫院為發展的目標。「小」取「麻雀雖小，五臟俱全」之意；醫院必須在內外婦兒急五個重要一般疾病科別都要有愛心又仔細的醫師來服務此地區的住民。「精緻」取需有特殊服務項目，有別於其他醫院的一般服務項目為特色。因此開設婦產科，由彰化基督教醫院支援一位婦產科醫師，本院有紀歐惠院長和另一位菲籍婦產科醫師共同開辦婦產科；小兒科也開始有彰基小兒科醫師支援住院診療，其他尚有菲籍家庭醫學科醫師搭配幾位年老醫師，四大科蔚然成型！ 1991年吳文勇醫師接任醫院院長，著手進行埔基的資訊電腦化工程，埔基的醫療業務轉趨穩定。1992年埔基的門診量約450名，使用60床病床；全體員工仍維持140-150名左右。每月的營運開始有盈餘。董事會預估2003年埔里地區的人口數會達15萬人，屆時大埔里地區的醫療需求可能會不足。董事會有計畫的在為埔里地區建立一個可以獨立運轉的區域級教學醫院。即著手興建宣教醫療大樓，向銀行貸款三億七千萬元。1994年吳文勇院長倦勤退任，時任董事的台中榮總類風濕科主任黃蔚醫師受聘為埔基第五任院長繼續領導埔基團隊。
現今的埔里基督教醫院（1999-至今）
九二一大地震的侵襲，迫使埔基一夕之間必須擔負起災區緊急醫療照顧的工作；更在重建路途上扮演著守護社區健康的重要角色。對於原本就已經背負著龐大債務的醫院而言，無異是雪上加霜。神卻在此世紀災難中補足埔基一切的缺乏更使她有餘。並使埔基站穩腳步，平安從廢墟中再度站立起來。我們在絕望不足之時，見證神的恩典仍豐豐富富足夠我們使用，也讓我們明白在患難中更要常常喜樂的教訓。
2003年黃蔚院長帶領埔基三任九年圓滿功成退任，並繼續在醫院服務。曾於1985年任醫務副院長，時任彰化基督教醫院小兒神經科主任也是埔基董事的趙文崇醫師，時隔二十年，受聘又回到埔基的醫療團隊，繼續帶領480位員工，守護偏遠大埔里地區百姓的健康，成為第六任院長至今。趙院長率領全體埔基員工完成921災後醫院重建，落實醫院醫療資訊化及提升醫院的服務品質，通過衛生署醫策會的評鑑，成為南投縣唯一的區域級醫院。並於2011年四月榮獲第21屆國家品質獎迄今。 回顧埔里基督教醫院的醫療宣道史，我們發現上帝的恩典沒有一刻離開這個醫院。一路有慘澹經營的辛酸，充滿篳路藍縷的艱難與挑戰；但逐日茁壯的歷程裡，卻有上帝萬能的手扶持同行的痕跡。埔基的醫療宣道史，是接連於萬能的神要將全人類從罪惡的權勢裡釋放出來的旨意。溯本追源是和主耶穌升天前「到普天下傳福音」的交代相結合的，是神那自古拯救應許實踐的一部份。這個地區在世界大地圖裡，小到連點都算不上；福音的進入並不比台灣甚或世界的其他地方稍晚。但感謝神，祂並不看輕。
